My name is
Julia Koblitz.

I am a 

about meÜber mich

Dr. rer. nat. Julia Koblitz

  • Date of birth: Geburtsdatum: 10.05.1990
  • Address: Adresse: Reichenberger Str. 12, Helmstedt, Germany
  • Email: julia [at] koblitz [dot] me

Who I Am

Hello world, my name is Julia. I am a computational biologist and developer at day and a creative mind at night. I love creating responsive web applications, awesome Python apps, and user-friendly interfaces. My passion is creating apps that are both, beautiful and useful.

Wer ich bin

Hallo Welt, mein Name ist Julia. Ich bin Bioinformatikerin und Entwicklerin am Tage und ein kreativer Kopf bei Nacht. Ich liebe die Entwicklung responsiver Webseiten, großartiger Python-Applikationen und Nutzer-freundlicher Interfaces. Meine Expertise liegt besonders im Bereich der Webentwicklung und Datenvisualisierung.

What I Do

I am working as a PostDoc at the Leibniz-Institute DSMZ for the bacterial diversity metadatabase BacDive.

You can find examples of my work in my portfolio.

Was ich tue

Ich arbeite zurzeit als PostDoc am Leibniz-Institut DSMZ für die bakterielle Metadatenbank BacDive. Dabei habe ich mittlerweile selbst zwei Datenbanken aufgebaut, nämlich MediaDive und CellDive. Außerdem beschäftige ich mich in meinem aktuellen Projekt mit der Anwendung von Künstlicher Intelligenz zur Vorhersage bakterieller Eigenschaften und Wachstumsbedingungen.

Beispiele meiner Arbeit sind in meinem Portfolio zu finden.

Key skills

  • Data Visualization
  • Object-oriented Python Programming
  • Web and Database Development
  • Machine learning
  • UI & UX-Development

Kernkompetenzen

  • Datenvisualisierung
  • Objekt-orientierte Python-Programmierung
  • Web- und Datenbankentwicklung
  • Machine learning
  • UI & UX-Entwicklung

resumeResumé

PostDoc at the Dive Database

PostDoc bei der BacDive-Datenbank

Leibniz-Institut DSMZ, Braunschweig 2020 - today

I am collaborating on the DiASPora-Projekt project. Here, my goal is to use machine learning to predict bacterial phenotypes based on genome annotations to complement the manually curated BacDive datasets.
In addition, I have built and maintained two other databases over time: MediaDive, which is dedicated to standardizing and providing culture media, and CellDive, which provides integrated data and visualizations on DSMZ cell lines.

Ich arbeite mit am DiASPora-Projekt. Dabei ist es mein Ziel, mittels Machine Learning bakterielle Phänotypen anhand von Genomannotationen vorherzusagen, um damit die manuell kurierten BacDive-Datensätze zu komplementieren.
Außerdem habe ich in der Zeit zwei weitere Datenbanken aufgebaut und betreut: MediaDive, welche sich der Standardisierung und Bereitstellung von Kulturmedien widmet und CellDive, welches integrierte Daten und Visualisierungen zu Zelllinien der DSMZ bereitstellt.

PostDoc for the BRENDA Enzyme Database

PostDoc bei der BRENDA Enzymdatenbank

BRENDA, TU Braunschweig 2019 - 2020

I worked as data analyst, web and database developer for the BRENDA database. My main project was updating and enhancing the EnzymeDetector, which is a tool for comprehensive genome annotation. Furthermore, I am working on the MMTB and the MetaboMAPS.

Ich habe bei der BRENDA als Data Analyst, Web- und Datenbankentwickler gearbeitet. Mein Hauptprojekt war die Aktualisierung und Weiterentwicklung des EnzymeDetector, einem Tool für vergleichende Genomannotation. Des Weiteren habe ich auch noch an meinen eigenen Tools der MMTB und den MetaboMAPS gearbeitet.

Graduate student in bioinformatics

Doktorandin in der Bioinformatik

Department of Biochemistry and Bioinformatics, TU Braunschweig 2016 - 2019

My thesis with the title dealed with the following projects: 1. Metabolic modeling and in silico engineering of the thermoacidodophilic archaeon Sulfolobus acidocaldarius that is of interest for biotechnological research 2. Software development for the creation and analysis of metabolic models 3. Development of web-based tools for integration and visualization of systems biology data

Meine Doktorarbeit mit dem Titel Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidodophiler Sulfolobales beschäftigte sich mit den folgenden Projekten: 1. Metabolische Modellierung und in silico Optimierung des thermoacidodophilen Archaeon Sulfolobus acidocaldarius, das von besonderem Interesse für die Biotechnologie ist. 2. Entwicklung von Software für die Erstellung und Analyse metabolischer Modelle. 3. Entwicklung von webbasierten Tools für die Integration und Visualisierung systembiologischer Daten.

Master of Science in Biology

Master of Science in Biologie

Technische Universität Braunschweig 2014 - 2016

I have graduated with excellence in Biology with focus on bioinformatics. I did my Master Thesis at the Department for Bioinformatics and reconstructed the metabolic model of Sulfolobus acidocaldarius. I got the possibility to continue the work on this exciting topic as a PhD student.

Ich habe meinen Master in Biolgie mit sehr gut abgeschlossen und mich dabei auf den Bereich der Bioinformatik spezialisiert, da ich während der Bachelorarbeit gelernt habe, wie sehr mir dieses Thema liegt. Während meiner Masterarbeit habe ich bereits vorbereitende Tätigkeiten für mein Doktorat getroffen, beispielsweise die Erstellung eines Draft-Modells von Sulfolobus acidocaldarius. Ich habe außerdem meine Kenntnisse in der Python-Programmierung gefestigt und auf einige Fragestellungen angewendet.

Research Assistant

Wissenschaftliche Hilfskraft

Helmholtz Centre of Infection Research, Braunschweig 2014 - 2015

I have worked in the lab of Till Strowig from September 2014 to June 2015. I was responsible for mouse phenotyping and DNA assays.

Ich habe als wissenschaftliche Hilfskraft im Labor vom Till Strowig gearbeitet und dabei Maus-Phänotypisierung und DNA-Assays durchgeführt.

Bachelor of Science in Biology

Bachelor of Science in Biologie

Universität Bayreuth & Technische Universität Braunschweig 2009 - 2014

I started my elementary studies of Biology at the University of Bayreuth and finished them in Braunschweig. I finished my Bachelor Thesis at the group of Till Strowig at the Helmholtz Center of Infection Research and focused my studies on the influence of Salmonella infections on the intestinal immune system of mice. During the Thesis, I had my first contact to bioinformatics and wanted to learn more about this exciting topic during my master studies.

Mein Bachelorstudium der Biologie habe ich an der Universität von Bayreuth begonnen und bin nach zwei Semestern an die TU Braunschweig gewechselt, da mir ein molekularbiologischer Schwerpunkt beser gefielt als ein ökologischer. Meine Bachelorarbeit habe ich in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe von Till Strowig am Helmholtz-Zentrum für Infektionsbiologie durchgeführt. Das Thema beschäftigte sich mit dem Einfluss einer Salmonelleninfektion auf das Immunsystem von Mäusen. Während der Arbeit hatte ich meinen ersten Kontakt mit der Bioinformatik.

skillsSkills

#developing

Python Python
HTML/CSS/SASS HTML/CSS/SASS
SQL SQL
JavaScript JavaScript
PHP PHP
R R
Java Java
NoSQL NoSQL

#software

MS Office MS Office
LaTeX LaTeX
Illustrator Illustrator
Photoshop Photoshop
InDesign InDesign

#language

Deutsch German
Englisch English
Japanisch Japanese

#soft skills

CreativityKreativität

Analytical thinkingAnalytisches Denken

CommunicationKommunikation


#qualifications

Project managementProjektmanagement

Basics of Business ManagementGrundlagen der Betriebswirtschaftslehre

Basics of Employee ManagementGrundlagen der Mitarbeiterführung


projectsProjekte

CellDive
Integrated data on cell lines Integrierte Datensätze über Zelllinien

I have extracted a wide variety of data from different formats (Excel, Word, CSV) and combined them into one database. The data are linked to cell lines, allow complex searches and can be displayed in interactive visualizations.

Ich habe unterschiedlichste Daten aus den verschiedensten Formaten (Excel, Word, CSV) extrahiert und in eine Datenbank vereint. Die Daten sind zu Zelllinien verknüpft, lassen aufwändige Suchen zu und können in interaktiven Visualisierungen dargestellt werden.

celldive.dsmz.de/
MediaDive
Culture media database and more Kulturmedien-Datenbank und mehr

I extracted more than 3,200 culture media recipes from PDF, HTML and Word documents, standardized the data and integrated them into a database. The media are connected to more than 40,000 microorganisms that grow on them.

Über 3200 Kulturmedien habe ich aus PDF, HTML und Word-Dokumenten extrahiert, die Rezepte standardisiert und in eine Datenbank integriert. Diese Medien sind mit über 40.000 mikrobiellen Stämmen verknüft. Die Standardisierung der Daten erlaubt neue Einsichten und die Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens.

mediadive.dsmz.de/
DiASPora
Digitalization and bacterial diversity Digitalisierung und bakterielle Diversität

The project I am currently working on. I designed the website and all corresponding images.

Das Projekt an dem ich zurzeit arbeite. Ich habe die Webseite und alle Grafiken dazu entworfen. Außerdem arbeite ich daran, bakterielle Eigenschaften mit Hilfe maschinellen Lernens vorauszusagen.

diaspora-project.de
EnzymeDetector
Comparative enzyme annotations Vergleichende Enzymannotationen

I reimplemented this tool for comparable enzyme annotations and redesigned the web UI.
Disclaimer: Since I am no longer working for the BRENDA team, I distance myself from all developments since July 2020.

Ich habe das Tool für vergleichende Enzymannotation neu implementiert und die Weboberfläche umgestaltet.
Disclaimer: Da ich seit Juli 2020 nicht mehr für das BRENDA Team tätig bin, distanziere ich mich von den seither durchgeführten Anpassungen an diesem Tool.

ed.brenda-enzyme.org/
BRENDA Pathways
Visualizing data on an interactive and comprehensive map Visualisierung von Daten auf einer interaktiven Stoffwechselkarte

I revised and reimplemented the BRENDA pathway map completely. The map now supports visualization of multi-omics data, show-on-zoom and more interactive features.
Disclaimer: Since I am no longer working for the BRENDA team, I distance myself from all developments since July 2020.

Ich habe die BRENDA-Stoffwechselkarte neu implementiert und dabei viele neue Funktionen hinzugefügt, z.B. interaktiven Zoom ind Datenintegration.
Disclaimer: Da ich seit Juli 2020 nicht mehr für das BRENDA Team tätig bin, distanziere ich mich von den seither durchgeführten Anpassungen an diesem Tool.

brenda-enzymes.org/pathway_index.php
MetaboMAPS
Platform for visualizing data on shared metabolic pathways Plattform für die Visualisierung von Daten auf Stoffwechselwegen

MetaboMAPS is a platform for sharing metabolic pathway maps and visualizing data in a metabolic context. Scientists can share individual pathway maps without strict conventions. Additionally, MetaboMAPS offers customizable and reproducible visualizations of experimental data that include but are not limited to transcriptomic, proteomic, metabolomic studies, flux distributions, and 13C-flux measurements.

MetaboMAPS ist ein web-basiertes Tool, wo man Stoffwechselwege hochladen, teilen und für die Datenvisualisierung nutzen kann. Das Backend ist in PHP entwickelt und das Frontend in JavaScript.

metabomaps.brenda-enzymes.org
MMTB
Web interface to metano and more Web-Interface zu Metano und mehr

The MMTB is a web page to assist metabolic modelers and biologists with interest in metabolism. The web page has a nice Python backend that communicates with MySQL as database management system. The connection to the frontend is managed by the Flask framework.

Die MMTB ist eine Website, die bei der Erstellung, Analyse und Visualisierung metabolischer Modelle unterstützen soll. Die Seite hat ein Python-Backend, welches mit der eigens erstellten MySQL-Datenbank kommuniziert. Die Verbindung zum Frontend wird über das Flask-Framework und Jinja-Templates bereitgestellt. Dabei findet die Visualisierung komplexer Netzwerke mittels JavaScript und der D3-Library statt.

mmtb.brenda-enzymes.org
Metano Toolbox
Open source toolbox for metabolic modeling Open-Source Toolbox für metabolische Modellierung.

Metano is an open-source tool for metabolic modeling. It includes scripts for Flux Balance Analysis, metabolite centric analysis methods and many other tools. I am maintaining the software and enhancing the usability, as well as including new features.

Metano ist eine Open Source-Toolbox für metabolische Modellierung. Sie beinhaltet verschiedene Programme, inklusive Flussbilanzanalyse und metabolit-zentrische Analysemethoden. Ich halte die Software in Stand und füge ggf. neue Funktionen hinzu.

github.com/JKoblitz/metano

scienceScience

You can also find a list of my recent publications on Google Scholar.

MediaDive: the expert-curated cultivation media database
MediaDive: the expert-curated cultivation media database

Julia Koblitz, Philipp Halama, Stefan Spring, Vera Thiel, Christiane Baschien, Richard L. Hahnke, Michael Pester, Jörg Overmann, and Lorenz Christian Reimer

under revision
DSMZCellDive: Diving into high-throughput cell line data [version 2; peer review: 1 approved, 1 approved with reservations]
DSMZCellDive: Diving into high-throughput cell line data [version 2; peer review: 1 approved, 1 approved with reservations]

Julia Koblitz, Wilhelm G. Dirks, Sonja Eberth, Stefan Nagel, Laura Steenpass, Claudia Pommerenke

F1000Research

2022-07-20
BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data
BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data

Lorenz Christian Reimer, Joaquim Sardà Carbasse, Julia Koblitz, Christian Ebeling, Adam Podstawka, Jörg Overmann

Nucleic Acids Research

2021-10-29
The Metano Modeling Toolbox MMTB: An Intuitive, Web-Based Toolbox Introduced by Two Use Cases
The Metano Modeling Toolbox MMTB: An Intuitive, Web-Based Toolbox Introduced by Two Use Cases

Julia Koblitz, Sabine Eva Will, S. Alexander Riemer, Thomas Ulas, Meina Neumann-Schaal, Dietmar Schomburg

Metabolites

2021-02-15
Utilization of phenol as carbon source by the thermoacidophilic archaeon Saccharolobus solfataricus P2 is limited by oxygen supply and the cellular stress response
Utilization of phenol as carbon source by the thermoacidophilic archaeon Saccharolobus solfataricus P2 is limited by oxygen supply and the cellular stress response

Jacqueline Wolf, Julia Koblitz, Andreas Albersmeier, Jörn Kalinowski, Bettina Siebers, Dietmar Schomburg, Meina Neumann-Schaal

Frontiers in Microbiology

2020-12-08
BRENDA, the ELIXIR core data resource in 2021: new developments and updates
BRENDA, the ELIXIR core data resource in 2021: new developments and updates

Antje Chang, Lisa Jeske, Sandra Ulbrich, Julia Hofmann, Julia Koblitz, Ida Schomburg, Meina Neumann-Schaal, Dieter Jahn, Dietmar Schomburg

Nucleic Acids Research

2020-11-19
MetaboMAPS: Pathway sharing and multi-omics data visualization in metabolic context
MetaboMAPS: Pathway sharing and multi-omics data visualization in metabolic context

Julia Koblitz, Dietmar Schomburg, Meina Neumann-Schaal

F1000Research

2020-04-24
Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales
Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales

Julia Helmecke

Dissertation, TU Braunschweig

2019-10-29
The Impact of Pyroglutamate: Sulfolobus acidocaldarius Has a Growth Advantage over Saccharolobus solfataricus in Glutamate-Containing Media
The Impact of Pyroglutamate: Sulfolobus acidocaldarius Has a Growth Advantage over Saccharolobus solfataricus in Glutamate-Containing Media

Anna M Vetter, Julia Helmecke, Dietmar Schomburg, Meina Neumann-Schaal

Archaea

2019-04-24
Convergent loss of ABC transporter genes from Clostridioides difficile genomes is associated with impaired tyrosine uptake and p-cresol production
Convergent loss of ABC transporter genes from Clostridioides difficile genomes is associated with impaired tyrosine uptake and p-cresol production

Matthias Steglich, Julia D Hofmann, Julia Helmecke, Johannes Sikorski, Cathrin Spröer, Thomas Riedel, Boyke Bunk, Jörg Overmann, Meina Neumann-Schaal, Ulrich Nübel

Frontiers in microbiology

2018-05-08
Enhancement of IFNγ production by distinct commensals ameliorates Salmonella-induced disease
Enhancement of IFNγ production by distinct commensals ameliorates Salmonella-induced disease

Sophie Thiemann, Nathiana Smit, Urmi Roy, Till Robin Lesker, Eric JC Gálvez, Julia Helmecke, Marijana Basic, Andre Bleich, Andrew L Goodman, Ulrich Kalinke, Richard A Flavell, Marc Erhardt, Till Strowig

Cell host & microbe

2017-06-14

interests

Photography Fotografie

Digital paintingDigitale Malerei

GardeningGärtnern

WritingBücher schreiben

fictionFiction

My novels are only available in German. You can read more at buch.julia-koblitz.de.

Wenn ihr mehr über meine Bücher erfahren wollt, schaut mal unter buch.julia-koblitz.de.

Balthasar cover
Balthasar
Balthasar ist sicher kein Chorknabe, aber das wäre auch sterbenslangweilig. Und man kann über ihn sagen, was man will, langweilig ist er sicher nicht. Obdachlos, rücksichtslos und anstandslos vielleicht, aber nicht langweilig.
ISBN: 979-8592174421
Der Feuerteufel und das Versprechen  cover
Der Feuerteufel und das Versprechen
Sam ist auf der Flucht. Gemeinsam mit seinem besten Freund Jona will er sich dem Widerstand gegen den grausamen Herrscher anschließen. Doch das ist nicht so einfach, wie er es sich vorgestellt hat.
ISBN: 979-8702914947
Golem cover
Golem
Dies ist die Geschichte von Gray, der eine zweite Chance bekommt, obwohl er sie nicht verdient, um dann zu lernen, was wirklich wichtig ist.
ISBN: 979-8716615502