My name is
Julia Koblitz.

I am a 

about meÜber mich

Dr. rer. nat. Julia Koblitz

  • Date of birth: Geburtsdatum: 10.05.1990
  • Address: Adresse: Reichenberger Str. 12, Helmstedt, Germany
  • Email: julia [at] koblitz [dot] me

Who I Am

Hello world, I'm Julia, a computational biologist, developer and founder. I want to make research information openly accessible and useful. I combine my research background with web development and a focus on interfaces that are intuitive and enjoyable to use.

Wer ich bin

Hallo Welt, ich bin Julia, Bioinformatikerin, Entwicklerin und Gründerin. Ich möchte Forschungsinformationen offen zugänglich und nutzbar machen. Dafür verbinde ich meinen wissenschaftlichen Hintergrund mit Webentwicklung und dem Anspruch, Oberflächen verständlich und angenehm zu gestalten.

What I Do

As managing director of OSIRIS Solutions, I focus on OSIRIS, an open-source research information system. We help research institutions introduce and use OSIRIS: from setup and hosting to ongoing development.

Open Science and open research information guide my work. My expertise lies in web development, UI/UX and data visualization. I'm also interested in how artificial intelligence can make research information easier to access and work with.

Was ich tue

Als Geschäftsführerin von OSIRIS Solutions konzentriere ich mich auf OSIRIS, ein Open-Source-Forschungsinformationssystem. Wir begleiten Forschungseinrichtungen bei der Einführung und Nutzung von OSIRIS: von der Einrichtung über das Hosting bis zur Weiterentwicklung.

Open Science und offene Forschungsinformationen stehen im Mittelpunkt meiner Arbeit. Meine Expertise liegt in Webentwicklung, UI/UX und Datenvisualisierung. Außerdem interessiert mich, wie künstliche Intelligenz den Zugang zu Forschungsinformationen und die Arbeit damit erleichtern kann.

My Focus

  • Open research information & Open Science
  • OSIRIS & open-source software
  • Web development & UI/UX
  • Artificial intelligence in research information

Meine Schwerpunkte

  • Offene Forschungsinformationen & Open Science
  • OSIRIS & Open-Source-Software
  • Webentwicklung & UI/UX
  • Künstliche Intelligenz im Kontext von Forschungsinformationen

Explore my projects or visit osiris-solutions.de.

Mehr dazu in meinen Projekten und auf osiris-solutions.de.

Über OSIRISAbout OSIRIS Contact meKontaktiere mich

resumeResumé

Founder and Managing Director

Gründerin und Geschäftsführerin

OSIRIS Solutions GmbH 2024 - today
Through OSIRIS Solutions, I help research institutions introduce and use the open-source research information system OSIRIS. We provide setup, hosting and ongoing development, focusing on open research information and user-friendly software. Mit OSIRIS Solutions begleite ich Forschungseinrichtungen bei der Einführung und Nutzung des Open-Source-Forschungsinformationssystems OSIRIS. Wir übernehmen Einrichtung, Hosting und Weiterentwicklung — mit dem Fokus auf offene Forschungsinformationen und benutzerfreundliche Software. Mehr lesenRead more WenigerShow less

Through OSIRIS Solutions, I help research institutions introduce and use the open-source research information system OSIRIS. We provide setup, hosting and ongoing development, focusing on open research information and user-friendly software.

Mit OSIRIS Solutions begleite ich Forschungseinrichtungen bei der Einführung und Nutzung des Open-Source-Forschungsinformationssystems OSIRIS. Wir übernehmen Einrichtung, Hosting und Weiterentwicklung — mit dem Fokus auf offene Forschungsinformationen und benutzerfreundliche Software.

Head of Data Integration

Leiterin der AG Datenintegration

Leibniz-Institut DSMZ, Braunschweig 2023 - 2026
I led the Data Integration group, working with my team to integrate datasets across DSMZ Digital Diversity. Our work also covered extracting data from the primary literature, ontologies and knowledge graphs, and artificial intelligence. Ich leitete die Arbeitsgruppe Datenintegration und integrierte mit meinem Team Datensätze aus den Bereichen der DSMZ Digital Diversity. Weitere Themen waren die Erschließung von Daten aus der Primärliteratur, Ontologien und Knowledge Graphen sowie künstliche Intelligenz. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I led the Data Integration group, working with my team to integrate datasets across DSMZ Digital Diversity. Our work also covered extracting data from the primary literature, ontologies and knowledge graphs, and artificial intelligence.

Ich leitete die Arbeitsgruppe Datenintegration und integrierte mit meinem Team Datensätze aus den Bereichen der DSMZ Digital Diversity. Weitere Themen waren die Erschließung von Daten aus der Primärliteratur, Ontologien und Knowledge Graphen sowie künstliche Intelligenz.

PostDoc at the BacDive Database

PostDoc bei der BacDive-Datenbank

Leibniz-Institut DSMZ, Braunschweig 2020 - 2023
I collaborated on the DiASPora-Projekt project. Here, my goal was to use machine learning to predict bacterial phenotypes based on genome annotations to complement the manually curated BacDive datasets. In addition, I have built and maintained two other databases over time: MediaDive, which is dedicated to standardizing and providing culture media, and CellDive, which provides integrated data and visualizations on DSMZ cell lines. Ich arbeitete mit am DiASPora-Projekt. Dabei war es mein Ziel, mittels Machine Learning bakterielle Phänotypen anhand von Genomannotationen vorherzusagen, um damit die manuell kurierten BacDive-Datensätze zu komplementieren. Außerdem habe ich in der Zeit zwei weitere Datenbanken aufgebaut und betreut: MediaDive, welche sich der Standardisierung und Bereitstellung von Kulturmedien widmet und CellDive, welches integrierte Daten und Visualisierungen zu Zelllinien der DSMZ bereitstellt. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I collaborated on the DiASPora-Projekt project. Here, my goal was to use machine learning to predict bacterial phenotypes based on genome annotations to complement the manually curated BacDive datasets.
In addition, I have built and maintained two other databases over time: MediaDive, which is dedicated to standardizing and providing culture media, and CellDive, which provides integrated data and visualizations on DSMZ cell lines.

Ich arbeitete mit am DiASPora-Projekt. Dabei war es mein Ziel, mittels Machine Learning bakterielle Phänotypen anhand von Genomannotationen vorherzusagen, um damit die manuell kurierten BacDive-Datensätze zu komplementieren.
Außerdem habe ich in der Zeit zwei weitere Datenbanken aufgebaut und betreut: MediaDive, welche sich der Standardisierung und Bereitstellung von Kulturmedien widmet und CellDive, welches integrierte Daten und Visualisierungen zu Zelllinien der DSMZ bereitstellt.

PostDoc for the BRENDA Enzyme Database

PostDoc bei der BRENDA Enzymdatenbank

BRENDA, TU Braunschweig 2019 - 2020
I worked as data analyst, web and database developer for the BRENDA database. My main project was updating and enhancing the EnzymeDetector, which is a tool for comprehensive genome annotation. Furthermore, I worked on the MMTB and the MetaboMAPS. Ich habe bei der BRENDA als Data Analyst, Web- und Datenbankentwickler gearbeitet. Mein Hauptprojekt war die Aktualisierung und Weiterentwicklung des EnzymeDetector, einem Tool für vergleichende Genomannotation. Des Weiteren habe ich auch noch an meinen eigenen Tools der MMTB und den MetaboMAPS gearbeitet. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I worked as data analyst, web and database developer for the BRENDA database. My main project was updating and enhancing the EnzymeDetector, which is a tool for comprehensive genome annotation. Furthermore, I worked on the MMTB and the MetaboMAPS.

Ich habe bei der BRENDA als Data Analyst, Web- und Datenbankentwickler gearbeitet. Mein Hauptprojekt war die Aktualisierung und Weiterentwicklung des EnzymeDetector, einem Tool für vergleichende Genomannotation. Des Weiteren habe ich auch noch an meinen eigenen Tools der MMTB und den MetaboMAPS gearbeitet.

Graduate student in bioinformatics

Doktorandin in der Bioinformatik

Department of Biochemistry and Bioinformatics, TU Braunschweig 2016 - 2019
My thesis with the title dealed with the following projects: 1. Metabolic modeling and in silico engineering of the thermoacidodophilic archaeon Sulfolobus acidocaldarius that is of interest for biotechnological research 2. Software development for the creation and analysis of metabolic models 3. Development of web-based tools for integration and visualization of systems biology data Meine Doktorarbeit mit dem Titel Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidodophiler Sulfolobales beschäftigte sich mit den folgenden Projekten: 1. Metabolische Modellierung und in silico Optimierung des thermoacidodophilen Archaeon Sulfolobus acidocaldarius, das von besonderem Interesse für die Biotechnologie ist. 2. Entwicklung von Software für die Erstellung und Analyse metabolischer Modelle. 3. Entwicklung von webbasierten Tools für die Integration und Visualisierung systembiologischer Daten. Mehr lesenRead more WenigerShow less

My thesis with the title dealed with the following projects: 1. Metabolic modeling and in silico engineering of the thermoacidodophilic archaeon Sulfolobus acidocaldarius that is of interest for biotechnological research 2. Software development for the creation and analysis of metabolic models 3. Development of web-based tools for integration and visualization of systems biology data

Meine Doktorarbeit mit dem Titel Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidodophiler Sulfolobales beschäftigte sich mit den folgenden Projekten: 1. Metabolische Modellierung und in silico Optimierung des thermoacidodophilen Archaeon Sulfolobus acidocaldarius, das von besonderem Interesse für die Biotechnologie ist. 2. Entwicklung von Software für die Erstellung und Analyse metabolischer Modelle. 3. Entwicklung von webbasierten Tools für die Integration und Visualisierung systembiologischer Daten.

Master of Science in Biology

Master of Science in Biologie

Technische Universität Braunschweig 2014 - 2016
I have graduated with excellence in Biology with focus on bioinformatics. I did my Master Thesis at the Department for Bioinformatics and reconstructed the metabolic model of Sulfolobus acidocaldarius. I got the possibility to continue the work on this exciting topic as a PhD student. Ich habe meinen Master in Biolgie mit sehr gut abgeschlossen und mich dabei auf den Bereich der Bioinformatik spezialisiert, da ich während der Bachelorarbeit gelernt habe, wie sehr mir dieses Thema liegt. Während meiner Masterarbeit habe ich bereits vorbereitende Tätigkeiten für mein Doktorat getroffen, beispielsweise die Erstellung eines Draft-Modells von Sulfolobus acidocaldarius. Ich habe außerdem meine Kenntnisse in der Python-Programmierung gefestigt und auf einige Fragestellungen angewendet. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I have graduated with excellence in Biology with focus on bioinformatics. I did my Master Thesis at the Department for Bioinformatics and reconstructed the metabolic model of Sulfolobus acidocaldarius. I got the possibility to continue the work on this exciting topic as a PhD student.

Ich habe meinen Master in Biolgie mit sehr gut abgeschlossen und mich dabei auf den Bereich der Bioinformatik spezialisiert, da ich während der Bachelorarbeit gelernt habe, wie sehr mir dieses Thema liegt. Während meiner Masterarbeit habe ich bereits vorbereitende Tätigkeiten für mein Doktorat getroffen, beispielsweise die Erstellung eines Draft-Modells von Sulfolobus acidocaldarius. Ich habe außerdem meine Kenntnisse in der Python-Programmierung gefestigt und auf einige Fragestellungen angewendet.

Research Assistant

Wissenschaftliche Hilfskraft

Helmholtz Centre of Infection Research, Braunschweig 2014 - 2015
I have worked in the lab of Till Strowig from September 2014 to June 2015. I was responsible for mouse phenotyping and DNA assays. Ich habe als wissenschaftliche Hilfskraft im Labor vom Till Strowig gearbeitet und dabei Maus-Phänotypisierung und DNA-Assays durchgeführt. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I have worked in the lab of Till Strowig from September 2014 to June 2015. I was responsible for mouse phenotyping and DNA assays.

Ich habe als wissenschaftliche Hilfskraft im Labor vom Till Strowig gearbeitet und dabei Maus-Phänotypisierung und DNA-Assays durchgeführt.

Bachelor of Science in Biology

Bachelor of Science in Biologie

Universität Bayreuth & Technische Universität Braunschweig 2009 - 2014
I started my elementary studies of Biology at the University of Bayreuth and finished them in Braunschweig. I finished my Bachelor Thesis at the group of Till Strowig at the Helmholtz Center of Infection Research and focused my studies on the influence of Salmonella infections on the intestinal immune system of mice. During the Thesis, I had my first contact to bioinformatics and wanted to learn more about this exciting topic during my master studies. Mein Bachelorstudium der Biologie habe ich an der Universität von Bayreuth begonnen und bin nach zwei Semestern an die TU Braunschweig gewechselt, da mir ein molekularbiologischer Schwerpunkt beser gefielt als ein ökologischer. Meine Bachelorarbeit habe ich in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe von Till Strowig am Helmholtz-Zentrum für Infektionsbiologie durchgeführt. Das Thema beschäftigte sich mit dem Einfluss einer Salmonelleninfektion auf das Immunsystem von Mäusen. Während der Arbeit hatte ich meinen ersten Kontakt mit der Bioinformatik. Mehr lesenRead more WenigerShow less

I started my elementary studies of Biology at the University of Bayreuth and finished them in Braunschweig. I finished my Bachelor Thesis at the group of Till Strowig at the Helmholtz Center of Infection Research and focused my studies on the influence of Salmonella infections on the intestinal immune system of mice. During the Thesis, I had my first contact to bioinformatics and wanted to learn more about this exciting topic during my master studies.

Mein Bachelorstudium der Biologie habe ich an der Universität von Bayreuth begonnen und bin nach zwei Semestern an die TU Braunschweig gewechselt, da mir ein molekularbiologischer Schwerpunkt beser gefielt als ein ökologischer. Meine Bachelorarbeit habe ich in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe von Till Strowig am Helmholtz-Zentrum für Infektionsbiologie durchgeführt. Das Thema beschäftigte sich mit dem Einfluss einer Salmonelleninfektion auf das Immunsystem von Mäusen. Während der Arbeit hatte ich meinen ersten Kontakt mit der Bioinformatik.

skillsSkills

#developing

Python Python
PHP PHP
HTML/CSS/SASS HTML/CSS/SASS
SQL SQL
MongoDB MongoDB
JavaScript JavaScript
R R

#software

macOS macOS
Microsoft Office Microsoft Office
Adobe Illustrator Adobe Illustrator
LaTeX LaTeX
Adobe Photoshop Adobe Photoshop
Adobe InDesign Adobe InDesign

#language

Deutsch German
Englisch English
Japanisch Japanese

#soft skills

CreativityKreativität

Analytical thinkingAnalytisches Denken

CommunicationKommunikation

#qualifications

Project managementProjektmanagement

Business ManagementBetriebswirtschaftslehre

Employee ManagementMitarbeiterführung

projectsProjekte

OSIRIS Portfolio
Research portal based on OSIRIS Forschungsportal auf Basis von OSIRIS

Portfolio is an add-on to OSIRIS that allows you to create a complete research portal from your CRIS.

Portfolio ist ein Add-on zu OSIRIS, mit dem ihr aus eurem FIS ein vollständiges Forschungsportal erstellen könnt.

osiris-portfolio.de
OSIRIS
Open-Source Research Information System Open-Source FIS

OSIRIS is an open and freely available research information system with a particular focus on flexibility and user-friendliness.

OSIRIS ist ein offenes und frei verfügbares Forschungsinformationssystem (FIS), das besonderen Fokus auf Flexibilität und Benutzerfreundlichkeit legt.

osiris-app.de
Digital Diversity Hub
Integrated resource of all DSMZ databases Integrierte Ressource aller DSMZ-Datenbanken

The Hub is a central point of contact for all DSMZ Digital Diversity databases. It will also be the starting point for all further new developments.

Der Hub ist eine zentrale Anlaufstelle für alle Datenbanken der DSMZ Digital Diversity. Er wird außerdem der Startpunkt für alle weiteren Neuentwicklungen sein.

hub.dsmz.de
CellDive
Integrated data on cell lines Integrierte Datensätze über Zelllinien

I have extracted a wide variety of data from different formats (Excel, Word, CSV) and combined them into one database. The data are linked to cell lines, allow complex searches and can be displayed in interactive visualizations.

Ich habe unterschiedlichste Daten aus den verschiedensten Formaten (Excel, Word, CSV) extrahiert und in eine Datenbank vereint. Die Daten sind zu Zelllinien verknüpft, lassen aufwändige Suchen zu und können in interaktiven Visualisierungen dargestellt werden.

celldive.dsmz.de
MediaDive
Culture media database and more Kulturmedien-Datenbank und mehr

I extracted more than 3,200 culture media recipes from PDF, HTML and Word documents, standardized the data and integrated them into a database. The media are connected to more than 40,000 microorganisms that grow on them.

Über 3200 Kulturmedien habe ich aus PDF, HTML und Word-Dokumenten extrahiert, die Rezepte standardisiert und in eine Datenbank integriert. Diese Medien sind mit über 40.000 mikrobiellen Stämmen verknüft. Die Standardisierung der Daten erlaubt neue Einsichten und die Anwendung von Methoden des maschinellen Lernens.

mediadive.dsmz.de
DiASPora
AI and bacterial diversity KI und bakterielle Diversität

The project I am currently working on. I designed the website and all corresponding images.

Das Projekt an dem ich zurzeit arbeite. Ich habe die Webseite und alle Grafiken dazu entworfen. Außerdem arbeite ich daran, bakterielle Eigenschaften mit Hilfe maschinellen Lernens vorauszusagen.

diaspora-project.de
EnzymeDetector
Comparative enzyme annotations Vergleichende Enzymannotationen

I reimplemented this tool for comparable enzyme annotations and redesigned the web UI.

Ich habe das Tool für vergleichende Enzymannotation neu implementiert und die Weboberfläche umgestaltet.

ed.brenda-enzyme.org
BRENDA Pathways
Visualizing data on an interactive and comprehensive map Visualisierung von Daten auf einer interaktiven Stoffwechselkarte

I revised and reimplemented the BRENDA pathway map completely. The map now supports visualization of multi-omics data, show-on-zoom and more interactive features.

Ich habe die BRENDA-Stoffwechselkarte neu implementiert und dabei viele neue Funktionen hinzugefügt, z.B. interaktiven Zoom und Datenintegration.

brenda-enzymes.org/pathway_index.php
MetaboMAPS
Platform for visualizing data on shared metabolic pathways Plattform für die Visualisierung von Daten auf Stoffwechselwegen

MetaboMAPS is a platform for sharing metabolic pathway maps and visualizing data in a metabolic context. Scientists can share individual pathway maps without strict conventions. Additionally, MetaboMAPS offers customizable and reproducible visualizations of experimental data that include but are not limited to transcriptomic, proteomic, metabolomic studies, flux distributions, and 13C-flux measurements.

MetaboMAPS ist ein web-basiertes Tool, wo man Stoffwechselwege hochladen, teilen und für die Datenvisualisierung nutzen kann. Das Backend ist in PHP entwickelt und das Frontend in JavaScript.

metabomaps.brenda-enzymes.org
MMTB
Web interface to metano and more Web-Interface zu Metano und mehr

The MMTB is a web page to assist metabolic modelers and biologists with interest in metabolism. The web page has a nice Python backend that communicates with MySQL as database management system. The connection to the frontend is managed by the Flask framework.

Die MMTB ist eine Website, die bei der Erstellung, Analyse und Visualisierung metabolischer Modelle unterstützen soll. Die Seite hat ein Python-Backend, welches mit der eigens erstellten MySQL-Datenbank kommuniziert. Die Verbindung zum Frontend wird über das Flask-Framework und Jinja-Templates bereitgestellt. Dabei findet die Visualisierung komplexer Netzwerke mittels JavaScript und der D3-Library statt.

mmtb.brenda-enzymes.org
Metano Toolbox
Open source toolbox for metabolic modeling Open-Source Toolbox für metabolische Modellierung.

Metano is an open-source tool for metabolic modeling. It includes scripts for Flux Balance Analysis, metabolite centric analysis methods and many other tools. I am maintaining the software and enhancing the usability, as well as including new features.

Metano ist eine Open Source-Toolbox für metabolische Modellierung. Sie beinhaltet verschiedene Programme, inklusive Flussbilanzanalyse und metabolit-zentrische Analysemethoden. Ich halte die Software in Stand und füge ggf. neue Funktionen hinzu.

github.com/JKoblitz/metano

Blog

OSIRIS und alles drumherumOSIRIS and beyond

In meinem Blog schreibe ich über OSIRIS und OSIRIS Portfolio, offene Forschungsinformationen und künstliche Intelligenz — mit Einblicken in meine Arbeit und Ideen für eine offene Wissenschaft.

On my blog, I write about OSIRIS and OSIRIS Portfolio, open research information and artificial intelligence — sharing insights from my work and ideas for open science.

blog.osiris-app.de
Zum BlogRead the blog

publicationsPublikationen

Meine wissenschaftlichen Arbeiten findest du auch auf You can also find my research on ORCID undand Google Scholar.

Zuletzt aus ORCID aktualisiert:Last updated from ORCID:

  1. 2026-09-18 PreprintPreprint

    OSIRIS-MCP: Towards secure conversational access to research information in OSIRISOSIRIS-MCP: Towards secure conversational access to research information in OSIRIS

    Julia Koblitz, Akira R Kinjo

  2. 2026-09-10 PreprintPreprint

    The StrainDiscoveryDatabase: an open framework for standardized microbial strain dataThe StrainDiscoveryDatabase: an open framework for standardized microbial strain data

    Julius F. Witte, Artur Lissin, Isabel Schober, Christian Ebeling, Helko Lüken, Julia Koblitz, Andrey Yurkov, Boyke Bunk, José Miguel López-Coronado, Adrian Vaello, Aurora Zuzuarregui, Rosa Aznar, Agustin García-Doñate, Ana M. P. Melo, Gerard Verkleij, Ronald P. de Vries, Vincent Robert, Wieland Meyer, Jörg Overmann, Lorenz C. Reimer

  3. 2026-08-31 ZeitschriftenartikelJournal article

    The DSMZ Digital Diversity Annotation Hub: a pipeline for database expansion via text mining and human curationThe DSMZ Digital Diversity Annotation Hub: a pipeline for database expansion via text mining and human curation

    Emanuel Quadros, Lorenz C. Reimer, Julia Koblitz

    Journal of Integrative Bioinformatics

  4. 2026-01-22 PreprintPreprint

    METRICS - Monitoring of Key Performance Indicators for ELIXIR ServicesMETRICS - Monitoring of Key Performance Indicators for ELIXIR Services

    Daniel Arend, Nils-Christian Lübke, Helena Schnitzer, Julia Koblitz, Saskia Lawson-Tovey, Nicola Soranzo, Karel Berka, Séverine Duvaud, Kristyna Kvizdova, Manuel Feser, Anna Golobardes Vilarasau, Gavin Farrell, Adel Bouhraoua, Espen Åberg, David Lloyd, Sebastian Beier, Vedran Kasalica, Walter Baccinelli, Mijke Jetten, Laura Chabot, Grégory Gimenez

  5. 2026-01-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    BRENDA in 2026: a Global Core Biodata Resource for functional enzyme and metabolic data within the DSMZ Digital DiversityBRENDA in 2026: a Global Core Biodata Resource for functional enzyme and metabolic data within the DSMZ Digital Diversity

    Julia Hauenstein, Lisa Jeske, Antje Jäde, Mathias Krull, Katrin Dümmer, Julia Koblitz, Anja Tietz, Dieter Jahn, Lorenz Christian Reimer, Boyke Bunk

    Nucleic Acids Research

  6. 2026-01-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    metaTraits: a large-scale integration of microbial phenotypic trait informationmetaTraits: a large-scale integration of microbial phenotypic trait information

    Daniel Podlesny, Chan Yeong Kim, Shahriyar Mahdi Robbani, Christian Schudoma, Anthony Fullam, Lorenz C Reimer, Julia Koblitz, Isabel Schober, Anandhi Iyappan, Thea Van Rossum, Jonas Schiller, Anastasia Grekova, Michael Kuhn, Peer Bork

    Nucleic Acids Research

  7. 2025-12-16 PreprintPreprint

    MCP server tools with RDF shapesMCP server tools with RDF shapes

    Jose Emilio Labra-Gayo, Yasunori Yamamoto, Akira R. Kinjo, Andra Waagmeester, Javier Acosta, Shuichi Kawashima, Yoko Okabeppu, Julia Koblitz, Samuel Bustamante Larriet

  8. 2025-09-30 PreprintPreprint

    A Lightweight PURL Resolver for Linked Life Science DataA Lightweight PURL Resolver for Linked Life Science Data

    Julia Koblitz, Shuichi Kawashima

  9. 2025-06-07 ZeitschriftenartikelJournal article

    Predicting bacterial phenotypic traits through improved machine learning using high-quality, curated datasetsPredicting bacterial phenotypic traits through improved machine learning using high-quality, curated datasets

    Julia Koblitz, Lorenz Christian Reimer, Rüdiger Pukall, Jörg Overmann

    Communications Biology

  10. 2025-02-07 PreprintPreprint

    BioHackJP24 report: Running a WikiBlitzBioHackJP24 report: Running a WikiBlitz

    Andra Waagmeester, Yasunori Yamamoto, Shuya Ikeda, Núria Queralt-Rosinach, Erick Antezana, Julia Koblitz

  11. 2025-01-18 ZeitschriftenartikelJournal article

    StrainInfo—the central database for linked microbial strain identifiersStrainInfo—the central database for linked microbial strain identifiers

    Artur Lissin, Isabel Schober, Julius F Witte, Helko Lüken, Adam Podstawka, Julia Koblitz, Boyke Bunk, Peter Dawyndt, Peter Vandamme, Paul de Vos, Jörg Overmann, Lorenz C Reimer

    Database

  12. 2025-01-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    BacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain dataBacDive in 2025: the core database for prokaryotic strain data

    Isabel Schober, Julia Koblitz, Joaquim Sardà Carbasse, Christian Ebeling, Marvin Leon Schmidt, Adam Podstawka, Rohit Gupta, Vinodh Ilangovan, Javad Chamanara, Jörg Overmann, Lorenz Christian Reimer

    Nucleic Acids Research

  13. 2025-01-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    PhageDive: the comprehensive strain database of prokaryotic viral diversityPhageDive: the comprehensive strain database of prokaryotic viral diversity

    Clara Rolland, Johannes Wittmann, Lorenz C Reimer, Joaquim Sardà Carbasse, Isabel Schober, Christian-Alexander Dudek, Christian Ebeling, Julia Koblitz, Boyke Bunk, Jörg Overmann

    Nucleic Acids Research

  14. 2024-09-05 PreprintPreprint

    Expanding data on cultivation media and microbial traitsExpanding data on cultivation media and microbial traits

    Julia Koblitz, Shuichi Kawashima, Kohei Hidaka, Yoko Okabeppu, Satoshi Onoda, Risa Otsuka, Natsuko Ichikawa

  15. 2024-08-16 PreprintPreprint

    Predicting bacterial phenotypic traits through improved machine learning using high-quality, curated datasetsPredicting bacterial phenotypic traits through improved machine learning using high-quality, curated datasets

    Julia Koblitz, Lorenz C Reimer, Ruediger Pukall, Joerg Overmann

  16. 2023-05 ZeitschriftenartikelJournal article

    Metabolism from the magic angleMetabolism from the magic angle

    Julia Koblitz

    Nature Chemical Biology

  17. 2023-01-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    MediaDive: the expert-curated cultivation media databaseMediaDive: the expert-curated cultivation media database

    Julia Koblitz, Philipp Halama, Stefan Spring, Vera Thiel, Christiane Baschien, Richard L Hahnke, Michael Pester, Jörg Overmann, Lorenz Christian Reimer

    Nucleic Acids Research

  18. 2022-07-20 ZeitschriftenartikelJournal article

    DSMZCellDive: Diving into high-throughput cell line data [version 2; peer review: 2 approved]DSMZCellDive: Diving into high-throughput cell line data [version 2; peer review: 2 approved]

    Julia Koblitz, Wilhelm G. Dirks, Sonja Eberth, Stefan Nagel, Laura Steenpass, Claudia Pommerenke, Dirks Wilhelm G., Eberth Sonja, Koblitz Julia, Nagel Stefan, Pommerenke Claudia, Steenpass Laura

  19. 2022-01-07 ZeitschriftenartikelJournal article

    BacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal dataBacDive in 2022: the knowledge base for standardized bacterial and archaeal data

    Nucleic Acids Research

  20. 2021-02-17 ZeitschriftenartikelJournal article

    The Metano Modeling Toolbox MMTB: An Intuitive, Web-Based Toolbox Introduced by Two Use CasesThe Metano Modeling Toolbox MMTB: An Intuitive, Web-Based Toolbox Introduced by Two Use Cases

    Julia Koblitz, Sabine Will, S. Riemer, Thomas Ulas, Meina Neumann-Schaal, Dietmar Schomburg

    Metabolites

  21. 2020-07-17 ZeitschriftenartikelJournal article

    MetaboMAPS: Pathway sharing and multi-omics data visualization in metabolic context [version 2; peer review: 2 approved]MetaboMAPS: Pathway sharing and multi-omics data visualization in metabolic context [version 2; peer review: 2 approved]

    Julia Koblitz, Dietmar Schomburg, Meina Neumann-Schaal

  22. 2019-10-29 Dissertation / AbschlussarbeitDissertation / thesis

    Vom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler SulfolobalesVom Genom zum systemweiten Verständnis des Stoffwechsels thermoacidophiler Sulfolobales

  23. 2019-04-24 ZeitschriftenartikelJournal article

    The Impact of Pyroglutamate: Sulfolobus acidocaldarius Has a Growth Advantage over Saccharolobus solfataricus in Glutamate-Containing MediaThe Impact of Pyroglutamate: Sulfolobus acidocaldarius Has a Growth Advantage over Saccharolobus solfataricus in Glutamate-Containing Media

    Anna M. Vetter, Julia Helmecke, Dietmar Schomburg, Meina Neumann-Schaal

    Archaea

  24. 2018-05-08 ZeitschriftenartikelJournal article

    Convergent Loss of ABC Transporter Genes From Clostridioides difficile Genomes Is Associated With Impaired Tyrosine Uptake and p-Cresol ProductionConvergent Loss of ABC Transporter Genes From Clostridioides difficile Genomes Is Associated With Impaired Tyrosine Uptake and p-Cresol Production

    Frontiers in Microbiology

  25. 2017-06 ZeitschriftenartikelJournal article

    Enhancement of IFNγ Production by Distinct Commensals Ameliorates Salmonella -Induced DiseaseEnhancement of IFNγ Production by Distinct Commensals Ameliorates Salmonella -Induced Disease

    Sophie Thiemann, Nathiana Smit, Urmi Roy, Till Robin Lesker, Eric J.C. Gálvez, Julia Helmecke, Marijana Basic, Andre Bleich, Andrew L. Goodman, Ulrich Kalinke, Richard A. Flavell, Marc Erhardt, Till Strowig

    Cell Host & Microbe

interests

Drone PhotographyDrohnenfotografie

JapanJapan

GardeningGärtnern

WritingBücher schreiben

fictionFiction

My novels are only available in German. You can read more at buch.julia-koblitz.de.

Wenn ihr mehr über meine Bücher erfahren wollt, schaut mal unter buch.julia-koblitz.de.

Balthasar cover
Balthasar
Balthasar ist sicher kein Chorknabe, aber das wäre auch sterbenslangweilig. Und man kann über ihn sagen, was man will, langweilig ist er sicher nicht. Obdachlos, rücksichtslos und anstandslos vielleicht, aber nicht langweilig.
ISBN: 979-8592174421

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Der Feuerteufel und das Versprechen cover
Der Feuerteufel und das Versprechen
Sam ist auf der Flucht. Gemeinsam mit seinem besten Freund Jona will er sich dem Widerstand gegen den grausamen Herrscher anschließen. Doch das ist nicht so einfach, wie er es sich vorgestellt hat.
ISBN: 979-8702914947

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Golem cover
Golem
Dies ist die Geschichte von Gray, der eine zweite Chance bekommt, obwohl er sie nicht verdient, um dann zu lernen, was wirklich wichtig ist.
ISBN: 979-8716615502

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